Stvar treba da bude vrlo jednostavna: preuzmi sa Mikrotik sajta pakete nove verzije, FTP-om ih postavi u root na Mikrotiku (mozes i preko Winbox-a) a zatim restartuj Mikrotik i on ce se sam upgrade-ovati na novu verziju.
Ja nisam radio sa Routerboard plocama vec samo sa Mikrotikom na PC racunarima, tako da bih ti ipak preporucio da proveris jos jednom kod tehnicke podrske Mikrotika, posto je Routerboard ipak nezgodniji - ako nesto krene naopako ne mozes lako da resis problem kao na PC racunaru, koji je pristupacniji.
Obavezno prouci i uputstvo:
http://www.mikrotik.com/testdocs/ros/3.0/admin/packages.php